清乾隆五十一年(1786年)林爽文事變中，北路戰役發生於竹塹地區，六張犁林先坤與石壁潭庄劉朝珍、陳資雲率領二路義民軍，於亂事平定後，乾隆五十二年(1787年)義民歸葬於新埔枋寮庄「雄牛睏地穴」，朝廷為表彰氣節，頒聖旨敕賜御頒「褒忠」匾，林先坤於六張犁建聖旨樓安置。次年(乾隆五十三年，1788年)地方仕紳捐地並籌建義民廟，供地方人士崇祀義民保鄉衛里之精神，乾隆五十五年(1790年)義民廟落成後，由地方仕紳慷慨施田而嘗祀日漸豐厚。義民廟於道光二十三年(1843年)修理廟墓。同治元年(1862年)因彰化戴潮春之亂，粵籍義民軍死義者百餘人，故拾忠骸葬於墓旁，成為「附塚」，但至明治二十八年(1895年)因兵燹廟宇盡遭回祿，明治三十二年(1899)至三十七年(1904)湖口庄輪值經理徐景雲等號召十四大庄信眾捐資重建，至明治三十七年(1904年)重建完成。

大正十年(1921)修建廟後義塚，於大正十二年(1923年)十二月六日竣工。皇民化運動時，原擬於昭和十五年(1940年)沒收廟產，當時的管理者不斷奔走及向日本國會眾議院陳情，才免使廟產被充公。新埔枋寮褒忠亭義民廟信仰圈影響範圍包括桃園、新竹客家地區，此與土地開墾、攻守同盟及教育文化相結合。義民廟原為枋寮庄、六張犁庄之私家信仰，因值事經理有心將祭典推廣為客家人之共同信仰，遂思考逐漸擴大為整個竹塹地區客家族群的信仰中心，至道光十五年(1835年)義民廟祭祀負責人始立「敕封粵東義民祀典簿」，建立了桃、竹、苗地區之客家人共同參與義民廟之祭典活動。

道光二十七年(1847年)設祀典輪值之制由新埔街、九芎林、大湖口、石岡子四大庄輪流管理，三年一輪，至光緒三年(1877年)大隘地區也納入義民廟祭祀圈內，演變成義民廟十四大庄輪值之祭典區，直民國六十五年(1976年)後更擴大為十五大庄輪值之祭典區，成為台灣最大的客家信仰中心。新埔枋寮褒忠亭義民廟的重要意義在聯庄輪值管理，在清代、日據時期以及戰後皆鼓勵子弟求取功名，戰後更創設義民中學，有維持社會教化的功能，百年來保衛鄉土的情感、對抗暴民也對抗暴政、貢獻地方回饋鄉土及展性地域主體性的特色是值得景仰的。

義民廟是新竹桃園一帶的客家族群信仰中心，其祭祀圈之廣大，祭典的熱鬧，可說是台灣最重要的廟宇之一。本廟於1985年經內政部公告指定為第三級古蹟，嗣後於2006年重新公告為縣定古蹟。

義民廟在1904年整修完成後，另有局部的修繕與擴充，2004年委託漢光建築師事務所規劃設計、廣力營造股份有限公司承包，除進行局部整修、改善古蹟空間與環境，並增設消防及照明等設備，工程至2005年12月完工。

義民廟佔地廣闊，除了廟宇本體及前方廣大的廟坪之外，廟後有義民塚及副塚及周圍的廣大庭園，而成為本縣重要的遊憩勝地。義民廟建築本體之規模為「二殿二廊二橫屋」，應為明治三十七年(1904)重修之結果。

三川殿面寬五開間，中間三開間退縮成步口廊，牌樓面木石雕刻極為精緻，正殿中央奉祀「敕封粵東褒忠義民」神位，左右配祀三山國王、觀音娘、五穀爺等，廟內匾額之多是一大特色，特別是清代敕賜的「褒忠」、台灣總督長谷川清所贈「盡忠報國」等匾，成為本廟重要文物。另外義民塚的形制、石雕等亦十分精彩，值得一看。