耆老口述相傳，某年北門耆老數人得到溫府千歲託夢與屢顯神蹟，溫府千歲已經在福洲選好木材，請福州木材商人，某日放水流，溫府千歲指示北門庄民到北門海邊將此木頭運回，數日後，真的木頭飄到北門外海，庄民將溫府千歲木材運回。日後溫府千歲在北門發威，神靈顯著，有祈必祐，因而名聲威遠播各地，各地信徒登門祈福者與日俱增香火鼎盛，經過三十八年後，北門經濟繁華正直開發之際，鄉民對溫府千歲的信仰更為興盛，於是信徒為感謝神恩，發起協同捐金為溫府千歲建廟，第一次建廟捐款金為二千八百餘元，在咸豐乙卯五年，溫府千歲香火愈來愈鼎盛，鄉民提議擴建並聘請名師承造關於雕刻、剪黏、美術等，雕樑畫棟，成為宏麗壯觀的永隆宮，其後在民國初年時，因北門一帶鹽份較重，所以廟體已出現損壞加上風吹雨淋，屋脊和屋頂剪黏部分也剝落，地方有志人士再度發起募金，加以修繕到。民國二十六年中日戰爭開始，日人摧毀台灣原有宗教信仰，為了瓦解民族觀念，徹底推行皇民化除神毀廟，民國二十七年永隆宮被迫拆除改建成日式房屋當成北門民眾集會所。台灣光復，島民重歸祖國懷抱，宗教信仰慢慢恢復了自由，當時溫府千歲則暫以日人的集會所當做臨時行館，入後加以改造成神殿，以信徒們供瞻拜，光復後十七年，各地寺廟紛紛興建或重修，惟獨永隆宮尚未重建，信徒提議重興，但是當時募款經費不足，遲遲未能進行重建的工作，民國癸卯五十二年三月召開信徒大會，經信徒熱烈決議共同協力進行募款鳩資，希望可以速日重建工作，日後成立永隆宮重建籌備委員會，定於五十二年十月動土興建，民國五十四年二月落成，迎神入廟安座，溫府千歲、廣澤尊王兩神終有永註之所，樹立於北嶼中心，成為千萬信徒的信仰中心。


永隆宮重建後，於民國五十八年（1969年）首度舉行『乙酉科三朝清醮』，屬於慶成醮。之後民國七十二年（1983年）再度舉辦『癸亥科三朝清醮』，祈求風調雨順、國泰民安。