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寶藏寺歷經乾隆、嘉慶，長期的歲月風霜之後，又逢地震天災的破壞，棟宇傾圯楹桷朽壞，所有供奉觀音佛祖天上聖母神像座位，僅避風雨。因此在道光二十八年(西元一八四八年)由稟生唐憲榮、首事江成春、張成業、林媽愿、張永葯、張永勇等人倡議重修，至道光三十年(西元一八五○年)歲末完成。光緒十一年(西元一八八五年)地方士紳倡修寶藏寺，使廟貌更為華麗。光緒十五年(西元一八八九年)，張赤金再倡議增設義民祠，奉祀李洋等四十九位義民於寺內之右二廂房。民國二年(西元一九一三年)張春波勸捐二千餘元，再予整修，一改舊觀，奠定了今日廟宇之雛形。民國五十二年(西元一九六三年)地方士紳彰化縣議員張龍池倡捐，於後殿增建玉皇大帝殿，且因寺廟年久失修，乃倡議成立重建委員會，以郭溫泉為總理，並於民國六十年(西元一九七一年)重修完成。

芬園寶藏寺原為三開間，兩進兩廊雙護龍的寺廟建築，前殿三川為斷簷升箭口的形式，意義非凡，屋脊脊飾精美且特別高大，與一般寺廟迥異，三川殿上的龍虎堵，以泥塑為材手藝高超，寺內大木結構及細木雕刻，其紋路及雕鑿手法，頗具粵派匠師之細緻風格，值得深入欣賞和研究。

民國七十四年(西元一九八五年)十一月二十七日，奉內政部七四台內民字第三五七二七二號，公告為台閩地區第三級古蹟。民國八十四年(西元一九九五年)，由管理委員會主任委員余慶豐及執事委員監事，爭取政府經費補助大肆整修，除將原有之院落重新翻修之外，並擴建廟前之景觀，增建鐘鼓樓及戲台，並將原位於後殿之觀音寺，改奉於正殿，並將天上聖母移駕於後殿之聖母祠，同時於聖母祠左側配祀地藏王菩薩，右側配祀註生娘娘，後殿之左前廂奉祀太歲星君，後殿二樓正祀玉皇大帝，左祀文昌閣、右祀關聖閣，且將原設於右二廂房之「義民祠」，獨立建祠供奉於廟之右側，座落於彰化縣芬園鄉芬園段三二九—一地號上，永久奉祀。寺內整體建設煥然一新，寺外美化花木扶疏，配合廟後山坡上之休憩公園，前呼後應一氣呵成，蔚為生氣盎然之嶄新風貌，亦為宗教旅遊的觀光聖地。

寶藏寺又稱聖母祠，為芬園鄉最早建立之寺廟，位於本鄉進芬村彰南路三段一三五巷一00號，廟宇建築面積一百五十坪，奉祀主神為媽祖，與彰化鹿港龍山寺；南投市碧山巖、田中鎮清水巖、花壇鄉虎山巖齊名，俗稱三巖二寺。目前本寺成立有管理委員會組織。
　清朝乾隆年間，本地初闢，疾病迭起，先民奉媽祖及觀音香火來本地，每當疫癘，信徒問神旨意，媽祖都有所指示，庇佑鄉民。居民乃覺媽祖神力不可思議，乃議雕塑神像、建廟奉祀。因廟宇之後有山拱衛，山上泉水可觀，訪若寶山，本寺得其地理精華，不啻得其藏，且同時供奉有觀音菩薩，有僧人住持，乃取名「寶藏寺」。據民間傳說乾隆年間，嘉慶太子微服出遊台灣，曾遭土匪追殺，而投寺掛單，並親筆御賜「寶山第一」之匾一方，懸於正殿為鎮寺之寶。
　前主任委員余慶豐，以其服務地方多年經驗及人際關係，一面爭取本寺列為國家古蹟，並配合鄉公所規劃寶藏寺觀光遊憩區，另向內政部申請修護經費、申請列為古蹟。案經內政部核准，正式列為國家第三級古蹟；並撥經費規劃修護。
　修護後之寶藏寺，將包含玉皇大帝廟在內，且因廟宇空間增加，決定將正殿改奉觀音菩薩為主神，後殿以天上聖母媽祖為主神，後殿二樓供奉玉皇大帝。工程業於民國八十四年四月十日動土開工，民國八十六年正月八日上樑。