寶藏巖創建於17世紀，是一座佛道兼容的觀音亭，又稱「觀音巖仔」，「巖仔」在漳州發音為（giam ah），於泉州發音為（gum ah），本來意思是山洞，後來靠近山邊的廟就都稱為巖仔。1835年刊行的《彰化縣誌》：「閩省漳泉南人謂寺曰巖」。可見巖仔在當時應專指佛寺。而寶藏巖正是主祀觀音的山邊佛寺，主祀觀音大士，兼祀有釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩、文昌帝君、關聖帝君、天上聖母、城隍爺、土地公、彌勒佛、地藏菩薩（配祀開山祖師大德、檀越主）等神佛。

17世紀末，清朝康熙年間打敗明鄭王國，正式統治台灣，閩南人逐漸移民，其登陸地點雖以台南、鹿港、艋舺為主，但現今臺北市公館仍有少數沿著新店溪上岸的閩南移民。寶藏巖正是康熙時移民之一的郭治亨及其子於「虎空山」所建。 經過1791年與1823年的兩次大整修，該廟仍呈現清朝特有的長廊木結構、石柱、石窗。其中廟內的褵虎石窗與1798年設立的「觀音亭」碑，尤為著名。

「虎空山」於是又因為觀音亭坐落，成為台灣許多名為「觀音山」的一座，「古亭」地名，一說即為與觀音亭有關。

寶藏巖改為寶藏寺：巖與寺通而不同
很多巖由出家人住持管理之後，往往將巖名改為寺名。最初或專稱山寺為巖，或相沿成習因襲祖廟之名而稱為巖，不在山者，亦統稱為巖，特別是拜觀音或清水祖師之寺廟，常稱為巖。

昔時為文山地區之公廟
寶藏巖主祀觀音， 昔屬於文山地區鄉鎮性大廟的「巖仔」。

一般參拜流程

一般寺廟建築