東勢地區因臨近大雪山等林場，又得大甲溪航運行駛之方便，在清朝時，成為伐木建造水師船隻等的轉運站，而吸引了許多中國大陸移民渡海來台的先民，最具代表者是為來自廣東潮州府大埔縣的客籍墾首劉啟東，他率領了百餘名工匠在本街結寮而居，從事伐木及製材業，並逐漸形成一個聚落，所以當時稱東勢街為「寮下」、「匠寮」。清乾隆三十五年（1770年），清朝官員派遣匠首鄭成鳳率領軍工百餘人深入東勢，搭建工寮，以便採集造船用的樟木，因而和原住民等比鄰而居，經常發生流血衝突；於清乾隆四十年（1775年）返回大陸恭迎巧聖仙師令旗來，以保平安，後開始祭拜巧聖仙師令旗；早期是由木板搭建成的廟宇，至今曾歷經三次的大重建，在清道光十三年（1833年）由出身石岡望族的貢生劉章職與東勢的監生楊芳齡、仕紳楊及任、郭春榮等人發起在匠館地點重建仙師廟，民國53年間（1964年）臺北地區木材商結合當地等木材相關行業人士，重修建東勢巧聖仙師廟，民國88年（1999年）因921大地震時倒榻，，後經魯班公信眾四年的重建，在民國93年（2004年）2月20日至2月29日（農曆二月初一日至二月初十日）間，盛大舉行「慶成入火安座、建醮祈福法會及仙師公祖的護法加持」等大慶典，係現今的廟宇建築。