朝林宮創建經過目前有兩種說法：
一、約在清朝咸豐、同治年間所建，泗林里的大家族為陳姓宗族，朝林宮廟地即由陳姓宗族所捐獻。

據其第十八代子孫，曾任財團法人朝林宮董事長的陳華炣先生口述，其祖籍為福建省漳州府平和縣，第一世開基祖元祿公傳至十一世後，第十二世陳朝棟約於清道光年間渡海來台(確切時間已無可考)，至港東上里四林庄定居，成為來台開基祖。

至第十三世或十四世(約咸豐、同治年間)之際，因太子爺顯靈要求建廟，廟地須由陳家捐獻。但陳家請地理師勘地之後，發現若在該處建廟，將敗壞陳家風水，故遲遲不願獻地。逮該地理師亡故之後，太子爺再度顯靈，事先預告庄民，某日某時將會下豪雨，大水會將地理師之棺木沖至「花渒」(昔日之大水潭，在今朝林宮附近)，並在潭中繞三圈。

後來果然應驗，陳家見太子爺神威，乃同意買下廟地再捐出建廟，但是為降低對陳氏家族風水的傷害，乃採取外廟內祠的建築形式，亦即外觀為一般廟宇，內部的建築形式有如宗祠。
（節錄資料：傳統寺廟與村落發展―以潮州泗林「朝林宮」為例－呂仁偉、洪櫻芬 永達技術學院、八十三週年校慶基礎學術研討會 96.06.01）

二、約在清朝末年間創建：據說有年來義溪水暴漲，眼見就要淹沒四林六村，危急之際天降一小孩在朝林宮前花渒大水潭，瞬間浮出一大土丘阻礙滾滾溪水使其改道，居民因此免受洪水災難。居民為感念神蹟遂由各村莊長輩發起募款向陳家祖先購買現址土地興建「朝林宮。」

朝林宮於西元1890年2月（清光緒16年、歲次庚寅年、辛未月）興建完竣，日據時期日本政府對宗教文化高壓政策，居民為保護神祇將神像藏匿家中，另設天上聖母爐以躲避日本政府打壓，光復後在由居民從家中請回中壇元帥神像奉祀。

朝林宮建築被列為三級古蹟，目前正在整修，暫遷右側搭建臨時行館。