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清治時期
一說乾隆六年（1741年）所建，由往來泉漳與月津等地的船家，在月津港的聚波亭旁興建主祀雷府大將公的廟宇，因此聚波亭變成拜亭。但該廟在日治時期的碑文卻紀錄：「乾隆六年本廟重興建築」。學者則指出此廟是原出自於孤魂信仰的陰廟，後轉化為正神，而「大眾」一詞就寓有萬善同歸之意。

嘉慶六年（1801年）重修。光緒十三年（1887年），地方仕紳黃存、黃宗琪等倡議重修，仿照聚波亭重建此廟，邀請地方秀才葉瑞西題聯。

日治時期
1933年，王清賀、周清溪、黃輝等發起重建，興築前後二大殿與四垂拜亭，於1934年8月15日竣工。並立碑紀念，也記載在乾隆六年本廟重興，在昭和二年（1927年）歲次丁卯七月二十七日因地震而毀，廟名則寫「聚波亭大眾廟」、「月港聚波亭」。

戰後時期
1991年，採用現代建築的後殿竣工。

約1990年代，之前在麻將製造廠工作的廟公，將約五千張有瑕疵的麻將牌蓋成一間約一坪、高度只有170公分的小廟，贈給此廟，成為廟中廟。廟方將一尊武財神供奉在其中，吸引信眾上門。

麻將廟
月津港之僅存遺蹟的聚波亭，已為大眾廟之前殿，部分彩繪為蔡草如作品，2002年11月14日以「月津港聚波亭」之名列為種類為寺廟的古蹟。

2010年代，此廟獲補助七百八十萬元，進行古蹟修復，費時約二年修復竣工，但六年後就立柱、前殿門板彩繪、門檻龜裂、掉漆。台南市政府文資處核准在2013年補助十萬元修復。

池府千歲-周倉爺-大聖爺-韓德爺-盧清爺

興建已200餘年，經數次修建後，前殿係古色古香宮殿建築，列國家古蹟，後殿二樓現付化配合剪粘險之廟殿建築。