其建立緣由是之前蚵間的旅外鄉親出資出力重建新屋福興宮時，意見不一，造成信徒分裂，而另建此廟。據外傳信徒分裂原因之一，是過去村長選舉時所造成的恩怨。兩廟信徒的政治派系並不同，昭靈宮總幹事兼總務許滿村曾言，該廟事務不少都是許姓，早年都是黨外運動許家班的支持者，他自己也對國民黨黨工在漁會體系的作為有怨言。另一分裂原因，是當時以擲筊決定是否遷廟時，擲筊結果支持原地重建的相關人員反悔，造成信徒集資興建新廟。

新廟的建立消耗新台幣六千萬元以上，而舊廟的重建亦花一億餘元，費用皆出自僅有二、三百戶的蚵間村及在外地創業的村民。昭靈宮舉行建醮儀式時，福興宮尚在重建中，兩廟分庭抗禮、暗中較勁，讓地方人士擔憂。後來1996年採訪時，地方人士則表示分家的真正原因非如各方臆測，且兩廟信徒均已相互走動供奉，無隔閡。在1998年報導時，新屋鄉不到四萬人口，卻就擁有七座大型寺廟，而蚵間村就佔了以上兩間。　

本宮兩個爐點香6支先拜天宮爐玉皇大帝(插3炷香)再入大殿拜主神七位夫人七府王爺後從右邊拜三真人再到左邊土地公白府王爺鐘府五帝爺然後插香入大爐即可。