清乾隆年間，有一叫田深的，在觀亭內養雞，但多為蛇吃去。田深有一小孩，私塑一土佛跪拜，適觀音佛祖南巡到此，見小琉球狀似蓮花，即附靈於土佛中，並托夢田深，欲其改為木裝，事為開基大媽。之後鄉人集意要以此神為公證佛，田深欣然同意，並捐獻田地，於是於乾隆元年(1736年)立一草廟，名為”觀音亭”。「觀亭內」、「內觀亭」之名仍沿用至今。於後光緒三年(1877年)改為瓦廟，並改稱碧雲寺，鄉人稱「觀音媽廟」是琉球人的信仰中心，今廟為85年改建而成。

農曆二月十九日為觀音媽生日，遷居到本島的鄉人也都回來上香，香火鼎盛不絕，小琉球居民無論婚喪喜慶、求姻緣、問生病、求漁船滿載等等，必前來求籤請示，是鄉民最重要的精神信仰。琉球人把碧雲寺的開基觀音稱為觀音佛祖，而鎮殿觀音稱為觀音菩薩，又把兩者統稱為「觀音媽」，意味視觀音為母親的意涵，觀音早已成佛，但祂曾誓願：「眾生未成佛之前，我不願成佛」，所以道駕慈航、化身菩薩，在婆娑世界中，實際擔當普渡眾生的工作。而鄉人稱為「觀音媽」是一種暱稱及敬稱，意為觀世音佛祖是琉球主母之義。