帝爺公由來緣起三百年前林註老先生之祖先從唐山也就是現在的中國大陸武當山祖廟迎駕家中供奉，嗣後，林家子孫從福建省晉江縣後安庄遷居台灣，定居在今日台灣省雲林縣麥寮鄉林註老先生家中供奉膜拜。

直到台灣光復後（昭和二十二年）民國四十年玄天上帝大顯神威濟世救人，當時百姓在生活上非常困苦，在醫學落後之情形下，大部份鄉民有仰賴神明之保佑，既不花錢又有靈效，村民遇有不能解決之難事也，玄天上帝其救世救民，神威顯赫。

林會長著眼於信眾日增，香火鼎盛，若不再擇地建廟恐無法容納廣大信眾參拜，故請四輪大轎尋踏廟地，民國六十八年八月神靈感應神奇奧妙，好幾個月神靈都無法降駕，突然由四位國中學生自願作轎腳，抬四輪轎於八月六日夜，帝爺公才來降駕，起駕後就連轎及四位轎手直接衝至現在的鎮南宮廟址，當時廟址是整片魚池，四位轎手直接跳進魚池，讓所有關心人士及信徒捏把冷汗，因魚池深度大約七台尺深，四位轎手又年少不識游泳，林會長擔心之餘，四位轎手已完成擇地之作，並安然無恙，真是神奇有感於神威。

廟地確定後在眾信徒及熱心人士奔走之下群策群力，於民國六十九年八月終於奠基動土，地基工程剛完成遭韋恩颱風侵襲，地基破壞鋼筋吹倒，但由神力扶持，諸事一一克服，民國七十七年廟貌初步完成，神明入火安座供奉，進香團由無到現在之九百多團成績輝煌，神威遠播，信徒日日眾多，香火鼎盛，普護蒼生，並庇佑風調雨順，國泰民安。

直到民國九十二年第七屆主任委員改選，主任委員林純雄先生因本身工作繁忙，所以推薦原監事林聯興先生，擔任第七屆主任委員，繼續領導鎮南宮全體委員為玄天上帝服務。