本宮原來是因為在以前的銘勝醫院(註：員鹿路上)後方一間竹管厝內，有一私人神壇。屋主往生後，子孫也搬走，將神明遺留在家中。竹管厝後來被颱風吹倒，附近的人將神明請到福安宮的偏殿，待了很長的時間。

後來有林伯燦、李畫等20人共同發起建廟安置，眾人共同出錢、捐地、買地後建立奉天宮，又稱王爺宮。時為民國四十多年。陳志松(開光安堂中醫診所)的阿公陳格(外號雞屎仙)是南鯤鯓那邊的人，常招人一同到南鯤鯓進香。建廟時，將自家的私神—池府千歲獻出來，湊成五府千歲，即供奉李、池、吳、朱、范五府千歲。

後來又設置三恩主，包括關聖帝君、司命灶君、孚佑帝君。然後增加玄天上帝，成了四恩主。最後再增加文昌帝君，即成為今日二樓的五恩主。

後來林伯燦到竹山請金母的令旗、刻了一尊尺三的神尊，供奉在奉天宮。當神溪湖分駐所刑事組長謝四配、印章店老闆陳泉昌等人來奉天宮教誦經團。

本來奉天宮是五府千歲的廟，後來金母來了之後，管理人員意見不能一致，於是陳志松、陳水霖(外號九柄)之子就將池、吳、范三尊王爺請出去，自行在湖東國小旁建立代天府，供奉五府千歲。

奉天宮後來就由其他信徒將自家供奉的李、薛、蘇三姓王爺捐出，組成新的「五府千歲」。

2000年，將舊廟拆除、廟基擴大後重建三層樓的新廟。一樓主祀五府千歲、二樓主祀五恩公、三樓供奉瑤池金母。十月廿二日安座入火。

三年多前，林伯燦之女林秀鑾任堂主，因兄弟皆遷居外地，家中神明乏人供奉，就將家中的金母、媽祖、王爺請到一樓供奉，並將三樓的金母移到一樓正殿。