相傳清朝康熙年間，桃仔園的漁民在海上捕頄撈獲保生大帝神像、香爐及旌旗，隨後於嘉慶年間建廟完戎，自承香火之後，該廟神靈顯赫，傳為地方佳話。 據《重修鳳山縣志》載，相傳海岸上漂流保生大帝神像於桃仔園，鄉民乃立廟於興隆莊萬丹港口，以祀之、尋圯。1763年（乾隆28年）重修，另據《鳳山縣采訪冊載》至1891年（光緒17年）黃見募修，屋五間，為沿海居民孚護神。1939年（昭和13年）桃仔源被日人闢建為海軍軍區，居民被迫遷至新莊仔，1940（昭和14年）現址重建，台灣光復後，民國37年新莊仔居民重建青雲宮，至民國77年又重建新廟，81年完工，香火鼎盛。

1.天公爐 2.主殿保生大帝 3.二祖 4.三祖 5.福德正神、王爺 6.太歲殿

本廟採中國南式宮殿式建築設計，孝廟建築整體規模宏偉壯麗。