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開基天后宮、主祀天后，亦稱天上聖母、媽祖或媽祖婆，是臺灣民間信仰最虔誠也最普遍的神明。傳說中的媽祖，原名林默，祖籍福建興化府莆田縣湄州嶼。關於她的生卒，史載紛紜，比較一致的說法是，生於宋太祖建隆元年（西元960年），卒於宋太宗雍熙4年（西元987年），享年二十八歲，媽祖自幼諳水性，有生以救助海上人家而聞名。羽化，經常顯靈，為航海人指引方同，被漁民們尊為航海之神。早期臺灣的墾拓先民，自中國閩粵渡海而來，經常與驚濤駭浪為伍，生命安危繫之於天，故多奉迎媽祖神像同行，析求平安，化險為夷。安然抵達後，為感念媽祖的庇佑，又在海邊或河海港口建廟祭祀，並析求風調雨順，國泰民安。開基天后宮，俗稱小媽祖廟，是對應於西走坊寧晴王府邸改建的大媽祖廟而稱的。創建於鄭氏時期，位於當時鎮北坊德慶溪出口南岸的水仔尾，是本市最早興建的媽祖廟，故以開基冠稱。清乾隆30年（西元1765年），知府蔣允君捐修。蔣元樞任知府時，再加修建，規模擴大。嘉慶以後至日治時期屢有修茸，二戰結束前，遭盟機轟炸，嚴重破壞。民國37年（西元1948年），境眾大修。民國60年（西元1971年）及民國62年（西元1973年），士紳境民募款重修，廟貌煥然一新。

現有之建築規制，依據《臺南市第二級古蹟開基天后宮調查研究及修護計畫》當中的考證，可能與大正15年（1926年）之規制大致相符，而當時之重修係於舊址上重建，規制上變化亦應相當有限。民國92年（2003年）進行了大修，於民國93年（2004年）完成，由徐裕健建築師負責設計監造。

該廟由鄭成功在明鄭永曆十七年（1662年）攻下普羅民遮城後改建德慶溪口的「媽祖寮仔」而成，當時稱「開基媽祖廟」，其蓋廟的磚頭是他第二批自廈門來臺的艦隊所運來的。廟內供奉一尊刻製於崇禎十三年（1640年）的媽祖像，是當年隨著鄭成功艦隊來臺的，故俗稱為「船仔媽」。

進入清朝統治後，改稱為「開基天后宮」。在乾隆三十年（1765年）時，時任福建分巡台灣道的蔣允焄捐修該廟，使其更具規模。乾隆四十二年（1777年）時，臺灣府知府蔣元樞又予以修建，使之成為一間三進的建築，並贈與一尊「傾聽觀音」在新建的後殿供奉。這尊觀音乃蔣元樞所獻的「府城三大觀音」之一，另外兩尊則在祀典武廟與大天后宮中。之後歷代亦有所修建。

日治時期，在日本大正十五年（1926年）時因廟宇年久失修，故境內居民們集資重建。然而在第二次世界大戰時，該廟遭盟軍空襲而毀損甚重，於是在民國三十七年（1948年）進行重修，而民國六十七年（1972年）時，該廟有所改建，增添了繁複的表面裝飾而成今貌。

該廟基本上是狹長的街屋形式，共三進，由廟外埕、內埕、三川門、拜亭與龍虎井、正殿、後拜殿和後殿組成。正殿主祀媽祖，隨祀著千里眼與順風耳，後殿則供奉著觀世音菩薩與十八羅漢等神。

該廟中還有明代樣式的三爪龍柱及古匾等文物，而在三川殿廟角有著「憨番擡廟角」的裝飾。

三川殿：屋身為三開間七架楹式的混合式構造方式，中段明間部分為疊斗式的大木構架方式，次間兩側則是半附璧式的抬樑式構架形式，並以兩山的山牆承重。較具特色的應是兩山墀頭上的「憨番」

正殿：屋身為十三架楹承重牆式的構造方式，兩側山牆頂部各開一八卦形式高窗，兩山下方除了有大形「忠」、「義」、「節」、「孝」題字外，並有大幅雕塑兩幅，期間並有一燈樑橫置於三架楹下方，神龕責配置於後坡七架及九架楹之間，並於前方兩側各開小門以連接右側戶外及左側護龍，門板上方則分別提有「龍吟」、「虎嘯」等字樣。

拜殿：歇山式屋頂，其特色包括山牆為銳形馬脊形式，正脊則是小脊作法，採仰合瓦屋面等特點，可以說此類形式做法常見於台南市各個拜亭之中。屋身而言，為六架楹捲棚式，並採用台樑式的構造形式。

後殿：屋身為九架楹承重牆式構造方式，其中七架楹下方施作曲形壽樑一道，兩旁為具有蝙蝠紋樣的隔扇門，壽樑下置有草形雀替。