本宮草創於清雍正十二年（西元一七三四年），當時乃由唐山祖居地，漳州府海澄縣之楊姓、陳姓、謝姓等先民，奉請家鄉之神祇「保生大帝」、「關聖帝君」、「呂山通使」 及「楊家祖神」，渡海來台，於此墾屯定居；時僅築草寮奉祀之，偶有疾病禱之即不藥而癒，因而香火鼎盛，儼然成為楊姓族人及拓荒聚眾之精神寄託。
　
清乾隆三年（西元一七八三）遇颱風摧襲，草廟頹損崩塌，遂籌資鳩公再建廟宇，安座奉祀，此時尚未命名；直至清咸豐四年（西元一八五四年），授軍功七品之楊應孝公（楊文允公曾孫），有感諸神聖及祖先神位屈居陋室，未有正名之堂安祀，乃號召各房耆老協商募款，籌建正式廟宇，襲用祖籍之「應元宮」為名，以昭來台始祖功績，並期勉後世子孫光前啟後之意；於清咸豐七年（西元一八五七年）三月竣工入火安座，同時舉行慶成祈安清醮；時廟堂乃坐西朝東。
　
本宮在歷經一甲子的歲月洗禮，廟貌日益斑剝，遂由楊忠獻公與楊金榜公等，於民國十二年（西元一九二三年）發起第二屆籌建會，決議改建，重新堪輿，始定位坐北朝南，並於民國十六年完成竣工；後經日據時期，嚴禁民間信仰，燒毀神像神器，對廟宇恣意搗毀，廟貌摧殘殆盡；幸於民國五十二年（西元一九六三年），由楊新迪公發起重修整建，並增建拜亭，為本宮第三次重建；直至民國七十年八月由楊炳連公為首之第四屆籌建委員會，有感於架椽樑門之杉木，年積月累，腐蝕斑斑，為光先人基業及報答神明庇祐之恩，乃群集地方碩德之力，敦請時任縣長之楊寶發宗親，於同年十月二十五日動土興工，遂於民國七十三年一月二日竣工，恭請時台灣省議會議長高育仁鄉親及台南縣長楊寶發宗親剪綵，並舉行入火安座大典；新建廟堂前殿奉祀保生大帝、呂山通史、二郎神君等諸神，後殿乃恭奉楊氏開基祖及開台祖之神位；隨後於民國七十四年十月二十五日，舉行之慶成祈安清醮；民國七十六年舉辦中斷五十餘年之「丁卯年蜈蚣繞境大遊行」，此蜈蚣環廟之遺旨，使傳統蕭瓏蜈蚣陣精神再現，更是轟動一時，地方人士無不興高采烈，真是人神共奮。
　　
而今，金碧輝煌之廟殿，外貌觚嶙聳屹，殿內肅穆莊嚴，兩側繪畫先民奉持王命登陸圖及春耕圖，石堵刻鑴忠孝節義之典範，極盡教化勸世之義；目前本宮亦存有多塊古匾。