忠義廟原為頭社公廨，頭社村(今頭社里)為大內鄉十村之一，分成十個聚落，除了濱臨曾文溪的三崁為漢人聚落外，其餘皆屬平埔族分布的區域。太祖的信仰主要分布於頭社、竹湖、交力林、大山腳、埤子腳等五個部落。在日治時期皇民化之前，這些部落仍保存各自的公廨。至戰後上述5個部落的有心人士出面共議磋商，協議重建永久性的公廨，並將各公廨的太祖全部集中於新建的公廨，選址於距各部落理想的中心點；但是埤子腳與其他部落之間，在金錢方面產生了摩擦和誤解，最後沒有加入。因此，今頭社內有兩座公廨，一座為埤子腳的公廨，一座則是代表其他四個部落的公廨，即頭社系統（潘英海，1994）。
頭社公廨原來是頭社、竹湖、交力林三個聚落所組成的，後來交力林人口減少、埤仔腳賣地散庄，因此原屬埤子腳部落的大山腳與交力林合併算一份。頭社公廨內部空間的結構分三間格局，即表徵三個聚落的集體性，公廨的中室代表頭社，稱為「中公廨」；東室代表竹湖，稱為「東公廨」；西室代表交力林和大山腳，稱為「西公廨」。每個公廨與聚落都有一個向缸（潘英海，1994）。
據頭社部落老一輩村民陳雲（日治時期公廨乩童連本之子）指出，頭社公廨供奉的太祖壺體，曾為規避日治時期皇民化運動而暫移往竹湖，一個名叫柚子腳的地方，臨時以竹子茅草搭建草寮供奉太祖，後因遭祝融之災，而於戰後改為磚造黑瓦屋頂建築。民國72年(1983)，公廨委員陳進都等委員們前往國父紀念館參觀後，仿該館外觀雇工規劃設計，並配合信徒村民集資重建，但仍維持三面壁、無廟門（三川門）的公廨傳統造型特徵；將水泥柱、欄杆和屋頂，漆成竹子、木板或茅草的顏色，並以高台屋方式興建，表徵延續傳統古法。
頭社公廨在重建時，雖曾有人建議以公廨來命名，但因礙於內政部所規定之寺廟登記法令，並無公廨之名，必須以廟名來稱呼。最後只好經由太祖指示，定名為「太上龍頭忠義廟」，並正式登記。
每年農曆10月14、15日舉行的「太祖夜祭」，為頭社公廨的年度祭儀，總是吸引許多學者、師生和民眾前來參與，被譽為「西拉雅聖地」。

大內區頭社里是早期西拉雅族的聚落，本為大武壠社的故地，後為目加溜灣社遷來的社民所據；崇奉太祖(阿立祖)的宗教信仰，是當地里民非常古老的信仰方式。目前祀奉太祖的太上龍頭忠義廟，是夜祭的地點，該公廨建築原為茅草木柱的草屋，在日治末期曾毀過一次，戰後重建兩次；目前公廨的構造為水泥建築，外型仿國父紀念館，上覆茅草。公廨內部隔成3室，有主祭壇、主祭壇兩側的將軍座和門口的兵士座。 每年農曆9月初1起，一直到10月14、15日的夜祭，四部落（頭社、交力林、大山腳、竹湖）都會聚集於此，虔誠的祭拜阿立祖；祭典內容包括了點豬、牽曲…等，頭社夜祭在1995年首次由原大內鄉公所及原台南縣政府大規模籌辦，成為全國性活動，每年都吸引眾多的人類學家、文史工作者前來參與、採訪，是西拉雅族平埔祭典最重要的一地。