自民國六十七年（西元一九七八年），由當時南灣村 楊文賢 先生，由南鯤鯓代天府恭迎吳府三王金身分靈家中鎮宅奉祀。

期間家事疑惑皆請示筊杯解津，仍時有未達神意， 曾太郎 先生（楊文賢三女婿）心疑乃試神威故喚當時九歲兒（曾銘進 先生）手捧三王金身立於案桌前，請神降駕，歷經二小時吳府三王真靈降駕九歲孩童身，神態行儀猶如當朝武將，威靈顯赫、理事分明，使眾感受神功心服口服，就此廣受楊氏家族及大灣地區信眾尊崇與信仰。　

民國七十五年（西元一九八六年）吳府三王神靈顯赫，信徒日增，虔誠敬仰，吳府三王向玉皇上帝請旨立壇（三王壇）濟世，設壇於南灣村大灣路七六四巷三十四號。

民國七十七年（西元一九八八年）增雕塑五府千歲、萬善爺、福德正神、註生娘娘，承蒙南鯤鯓代天府五府千歲同袍恩賜宮名曰『南巡宮』，並成立第一屆南巡宮管理委員會，由 楊通寶 先生擔任主任委員，在楊主委恭謹領導之下及
各屆委員先生傾力佐助，熱誠參與會務推展，又有感神威恩澤。

然因場所狹小，乃提議購地建廟，於民國九十二年（西元二○○三年）完成廟地購買，興建新廟工程歷經五載現今完工。