民國四十七年，呂仙袓降詩，林六善老師依詩文釋意，村長張克明前往基隆大竿林仙宮廟拜請一尊仙功神祇來福隆禮拜。呂祖金身安祀於高三娣宅，呂仙祖賜夢指引，並賜聖杯選建廟基地，發起建廟。自民國四十九年開山拓地，五十年雇工興建，至五十二年完成。
民國五十二年農曆閏二月初七曰先公祖進座廟名正式定為卯鯉山拱南宮，以呂祖修道的『終南山』始終被道教視為「天下第一福地」，取『衆曜拱南』之意。民國五十七年成立信徒會議，選出管理之負責人，實施管理人制之廟務管理。第一任管理人張琳馨先生擔任，第二任管理人林士先生擔任，第三任管理人由張仁山先生擔任。
自第四任起，將管理人制改為委員會制。張鴻昇先生為第一屆主任委員。第三屆管理委員會為主任委員吳克裕先生。民國九十八年，楊見春先生以『全票』當選第四屆管理委員會主任委員。『春秋歲月寅卯多更新，鯉躍龍門自根源，山中靈跡拱南照，世子承襲無方棄，呂祖仙引光明前』。拱南宮里有著許多信徒綿延好幾代奉獻的心血，所有信徒尊行道教教義，切實奉行呂祖訓示教化：「闡明正道，指明因果。普勸修心，慈航普渡。覺世渡人，無極顯化。敬禮天神，開明大道。」誠願以本宮香火，薰化善男信女，明覺正道，瞭解因果，進而勤加修心，得慈航普渡。