現今的廟中保存著不少百年古文物：百年的軟身神像、百年神轎、清光緒年間台灣水師副總兵周振邦所提匾額及對聯。但很少人知道，靈濟殿東側偏殿並祀有兩艘造型優美的小型王船，分別是伍府二恩主的專屬寶舟「通恩號」以及代天巡狩周、薛、曾三位大帝的「薛金海號」，其中的「薛金海號」有別於其它王船的木造宮廟建築，以舟棚以茅草建蓋，更是別有情趣！

另外，廟方還祀祭安平廟宇裡少有的月老，拜月老求紅線，牽姻緣的故事，幾乎大家耳熟能詳。來靈濟殿拜月老時，祈求月老保佑求取姻緣紅線，找到理想對象的同時，別忘了在月老附近，有個靈濟殿特有的「伍圓(有緣)愛心箱」，在紅線及伍圓（有緣）的加持下，美好良緣指日可待！

原汁原味的百年傳承--中元孤棚祭﹕
除了有著百年古物及並祀的兩艘王船外，靈濟殿還有著台灣非常少見的孤棚祭。所謂「孤棚」是由五根大柱組成，每根約二、三丈高，周圍四柱各懸掛一隻大豬公和其他雜糧，更有「篙串」數十支，繫有各式祭品，向靈濟殿眾神及老大公伯顯赫的神威還願；孤棚上並垂吊白布，牽引至運河，引渡水上「老大公」上岸享用供品。雖然規模不大，在對神明與老大公(好兄弟)表達感謝，並聚合了鄉里居民對自己信仰的尊重與傳承的堅持下，安平靈濟殿舉辦「孤棚祭」至今已超過一百五十多年，在甚至在戒嚴時期，還因舉辦孤棚祭而發生受警備總部調查呢！因農曆七月正值颱風季節，就算當天強風豪雨，氣侯惡劣，「孤棚祭」照樣舉行，從未停辦過！據參加多次「孤棚祭」的居民表示，雖然農曆七月常會下雨或遇到颱風，是但每到「孤棚祭」開始舉行時，天氣就常常就奇蹟似的好轉，這也是參加過多年「孤棚祭」的居民覺得不可思議且津津樂道的！

海陸會香﹕
由於靈濟殿創立年代悠久，早在二百多年前即分靈至高雄縣市、林邊、屏東縣等廟宇。至1945年後，開始有「海上會香」的宗教活動，每隔三、四年，和靈濟殿有著二百年多年交陪的高雄縣林邊鄉鳳芸宮，會在媽祖聖誕前，將神像裝轎上船，以海巡繞境前往安平，如同「回娘家」一般。靈濟殿也會以神明出海迎駕。雙方廟宇在海上會香。是安平地方宗教活動的盛事。