明永歷年間，延平郡王正成功領台時，現麻豆區興農里吳姓祖先，自福建省泉州府同安縣青礁渡海來台墾殖，迎請保生大帝、土地公、灶門公等在吳家奉祀。之後族群繁衍，保生大帝乃成為族人守護神。吳姓祖先定居麻豆社草店尾後，歷經三百餘年，卻因經濟凋敝，未能建廟奉祀。待民國六十年，族內耆老吳貞、吳竹琴、吳令及眾信徒倡議集資建廟，終於民國六十二年完成，奉大帝指示取廟號「良皇宮」。