城隍爺或稱城隍尊神，其祭祀開始於周禮八蠟之祭。「天子大蠟八，水庸居七。」水則隍、庸則城，城隍簡言之就是護城河，有保護城池的作用，後來遂成為城市的守護神。

明代以京城城隍為天下都城隍，省則設省城隍。府設府城隍，加封威靈公。州有州城隍，加封綏靖候。縣有縣城隍，加封顯佑伯。清代承續明朝遺制，以城隍為護國佑民之神，因此凡地方官署之所在，大多設有城隍廟，假神道以求治地方，因此城隍廟乃是官設之廟寺，一般老百姓是少有將城隍爺請入家中奉祀的。
　　
根據資料的記載，道光三年(西元1823年)起，分別有鄧logo傳安(鹿港理番同知)、武攀鳳(總兵)、熊一本(台灣道)、同人年(台灣知府)、史密(北路理番同知)、葉長春(北路協副將)，劉韻珂(閩浙總督)，陸續前來埔里勘查，並且主張積極開墾；而其中，在道光26年(西元1846年)奉命前來開發埔里的鹿津分憲北路理番同知，見漢人移墾漸多、聚落形成，遂於翌年從台南移請一尊「城隍尊神」前來鎮座於埔里，一來庇護鄉里，二來藉著神威治理地方、獎懲善惡，距今已一百六十七年了，因此城隍廟不僅是埔里地區最早的官設廟寺，而且也可以稱得上是埔里地區民間宗教信仰的開端。
　　
當時，北路理番同知所恭迎前來的城隍尊神，根據進一步的資料顯示，乃是國姓爺鄭成功當年率領部眾渡海來台時，所隨船移請而來的數十尊神座之一。

永曆十五年(西元1661年)農曆四月一日，鄭成功的艦隊由台南鹿耳門進入台江登陸，將荷蘭人驅逐之後，便將奉請來台的神座奉祀在鹿耳門一間媽祖廟中(即今日之台南土城正統鹿耳門聖母廟之舊址)。

後來，由於台南沿海地區洪水為患，該古廟之廟基因受損嚴重，於是便將諸神暫時寄奉在台南海安宮，一直到古廟(鹿耳門聖母廟)重新擇地修築完成之後，才前往海安宮請回神座，不過在這段時間，有諸多神座被請往他處奉祀，因而少了數尊，其中亦包括城隍尊神在內；事後才明白，原來就是當年北路理番同知從台南將城隍尊神恭迎前來埔里奉祀。

目前，埔里瀛海城隍尊神有加冠「瀛海」之尊號，是台灣僅有，其緣由就是當年城隍尊神隨鄭成功經南瀛之海由台江登陸，得其地緣之關係。目前台南慶耳門聖母廟之佛祖殿正門之牆柱上，有一幅對聯：「佛寺淨紅塵鉢洗台江流法水；祖心懷赤子岸登瀛海駕慈航」，便足以證明此種關連之可信。
　
明鄭之後，清廷接管經營台灣。在光緒年間，清朝理番鹽運使通判吳本杰，由台南府(兵營)領兵前來埔里撫番管治。當時將城隍尊神安置在操兵場處(今西安路與北平街交叉處附近)；凡是有百姓犯了死罪，則焚香祭拜，並請求隍尊神托夢指示，該罪犯是否另有冤情、罪不及死，若尊神無特別托夢指示，則翌日依律論斬。

當時，操兵場處設有斬首台，犯人之斬首與否，完全取決於神明之指示，這種藉著神威來教化治理的方式，充份表露出城隍爺的官方色彩。
　　
後來，地方治安趨於安定，百姓循規蹈矩、奉公守法，於是於光緒十三年(西元1887年)由理番鹽運使通判吳本杰倡議廣招先賢修建，經地方居民一致響應及熱烈贊助而修築完成，當時之廟址就在操兵場附近(地號為埔里logo小段26234號)。

廟寺規模雖不大，但卻香火鼎盛、信徒日增；不料！卻於光緒20年(西元1894年)甲午之役中遭大火燒毀。所幸當時有信徒從烈焰中將城隍尊神搶救出來，不過所有珍貴的文物資料，都在那場火災中化為灰燼，著實令人嘆然可惜！火災之後，那位信徒便將神像暫時安奉於家中，然耐事後卻發現家庭頗不安寧，經城隍尊神託夢指示，不適合安奉在家堂，於是才將像移往先賢施百川先生所設鸞堂(即懷善堂，於今日之南昌街)暫奉。

懷善堂於埔里開堂，始自於民國前十二年(光緒二十六年)十月，由本地善士赴阿罩霧大里杙迎請三恩主劍令駐駕史港里(今之會議所)，翌年五月五日，迎遷於施百川先生宅第，舉行鎮座並立堂號為懷善，朝夕誦經，施方濟世。

當時，南投地區吸食煙毒者甚眾，三軒鴉片店大賣鴉片煙以毐害人，三恩主體念上蒼有好生之德，慈悲為懷，發起勸告世人戒煙，神力宏大，不久人們便將煙毐戒絕，三軒鴉片店倒店關門，神恩浩蕩，拯救不少受苦癮君子，真可謂功德無量。而且間一切費用，概由施百川先生獨力負擔。慷慨解囊、造福鄉里、解人危厄，年青學富之施百川先生，在當時極受百姓所敬仰推崇；雖已仙逝，但功勳不杇。
　　
懷善堂在民國前十年二月十二日，承奉恩主賜冠號為「彩鳳閣」並且編著「懷心警世金編」及「醒悟金編」二本書，行世勸人、度人危厄。同年十月，因主指示刣牛坑永興莊有一處吉地，可供建廟之用，於是由正鸞李春生先生前往主持創設，即今日之參贊堂；另外尚不少廟堂，相繼由懷善堂分祀而成；由此可見，懷善堂在埔里地區實具有崇高與重要之宗教地位。民國十三年歲次甲子冬，懷善堂僉議，將暫奉於該堂之瀛海城隍尊神一併奉祀，於是開始了往後懷善堂與城隍廟不可分的關係。
　
台灣光復之後，於民國37年，剛剛從日本留學返台的劉萬通先生，奉命接收埔里小學校(即今日埔里國中)與日產弘法寺。光復之初，由於弘法寺之廟地曾經涉及多起的土地糾紛，所幸經多方奔走交涉，才保住廟產，並且呈請政府同意，順利將弘法寺變更為「彩鳳閣懷善堂」之後，依照當時地方政府之規定，以城隍廟作為合法登記之廟名，而他本人也就順理成章成第一屆寺廟管理人，直到民國五十八年正月新廟即將修築完成，才將廟寺之管理權利，移交給第一屆之埔里城隍廟管理委員會。
　　
日產弘法寺順利撥改為彩鳳閣懷善堂之後，於民國38年11月10日，奉諭編著「打痴鞭」，翌年端月十日完成，付梓問世，指引迷津、啟發良多。民國42年3月3日奉諭煉丹，施藥濟世、功德無量。

民國50年5月，又奉恩主諭，將彩鳳閣改稱為「龍鳳閣」，並且重組籌建委員會，在主任委員陳石鍊先生的領導下，準備在原址重修寺廟。當時經諸位先進委員大德，四處走訪各地之廟寺，取其外觀造型之精華並拍照供設計建築之依據和參考方，才有今日廟貌之巍雄偉、精巧華麗。新廟之建造耗資不薄，而且歷經十載，才於民國六十年歲次辛亥完工。

前為城隍廟，奉祀瀛海城隍尊神。後殿為龍鳳閣懷善堂，奉祀三恩主。前殿樓上為蟠龍殿(天公廟)，並於民國65年端月初八，迎接蟠龍殿玉皇大帝及三界諸真，安奔於前殿之樓閣。

至此，全廟可謂功德圓滿，牌樓、前殿、後閣，其雕樑劃棟、飛簷琉瓦，無不富麗精緻、美侖美奂；再加上香火鼎盛，神威顯赫，施方濟世、庇護鄉里，埔里瀛海城隍廟，可謂根基已固、功勲浩然。
　　
溯古至今，瀛海城隍神，從當年隨鄭成功渡海來台，由剛開始只有小廟容身，且歷經數次的遷移，到後來因大火侵襲而暫奉他所，直到今日神恩廣佈、福澤綿延。這期間承蒙諸多先賢前輩之竭盡心力、苦心經營，才有今日宏偉基業。埔里瀛海城隍廟，在埔里地區風起雲湧的宗教熱潮中，必能更加發揚光大，且神恩傳續、千秋萬世。

民國八十八年九月二十一日凌晨一點四十七分那場921地震，將前殿震傷嚴重，牌樓震倒在地。經整修後尚餘後殿與鐘鼓樓邊的男、女用廂房。後經過第八、九、十、十一屆委員們長期研議，終在民國100年5月15日由當時行政院長吳敦義院長、馬文君立委、李朝卿縣長、周義雄鎮長等諸位長官及各寺廟主事者和眾多善信大德蒞臨下進行重建開工典禮。