西元1700年(距今300多年前)，先民為求平安與心靈寄託，至大陸湄洲恭請媽祖聖尊至蕃薯寮(旗山舊稱)，供奉於旗山福德祠旁。地方人士參拜聖蹟靈驗，於清嘉慶二十二年(1817年)由地方官員、仕紳與商家等共同出資於現址開始興建廟宇，清道光四年(1824 年)落成，距今近200年歷史。
『旗山天后宮』是本地的主廟，旗山人稱為『媽祖廟』，是本地開莊的市集、信仰、精神等活動中心，亦是凝聚社區意識與聚落發展的樞紐。研究台灣各聚落之文史工作，常以各地之主廟探考，以了解其形成與發展，目前列為高雄市定古蹟。
　　天后宮主祀『媽祖』(實有五媽) ，左祀『境主公』、『大成至聖先師』、『五文昌帝君』、『倉頡制字先師』『月老星君』，右祀『註生娘娘』、『五大先師』、『田都元帥』、『金虎將軍』。有千里眼、順風耳二護法將軍，座下有山神座騎－『虎爺』。每年農曆三月廿三日媽祖誕辰，都舉行廟會祭典，每四年擴大舉辦平安遶境活動。凡本地其他宮廟有舉行慶祝活動，皆當先請媽祖，以示敬重。
本宮坐西朝東，前有廣場，昔日是晨巿集，午後老人聚聊，孩童嬉戲，廟會演戲娛樂場所，日前因整建工程，運用前方廣場建臨時廟宇供信徒朝拜。
　　廟宇雖經歷多次重修，但一直保留福佬廟屋傳統風貌。廟身為磚木構造，二進式傳統閩南廟宇
分為三川殿與正殿，以廊相接， 正殿樑柱構架為疊斗式，廟兩旁為後廳與廟室，中軸空間配置自前而後為廟埕、三川殿、天井、正殿。它的木造結構、斗拱、裝飾及石材雕刻，皆來自中國，廟內石雕，樸實簡雅，其石材、雕飾物雅緻絢爛緊密，其木材亦是唐山福杉。
　　西元1817年「奉憲」 碑鑲於左外牆（奉憲嚴禁羅漢腳惡習碑記）， 碑文記述當時聚落消滅流棍事蹟，廟內壁亦有聚資重修碑兩座（興建天后宮碑誌、重修天后宮碑記），皆是研究旗山發展史的珍貴資料。正殿上方，懸有道光二年 ( 西元1822年）『坤德配天』扁額一方。

旗山天后宮特色 ~ ~
旗山天后宮媽祖的特色是軟身設計，有五尺八吋高，四肢關節可活動，方便穿衣(據廟方元老說，目前全國僅三尊軟身媽姐)，正殿上方，懸有道光二年 ( 西元1822年）『坤德配天』扁額一方，約二百年歷史。

天后宮內有兩套千里眼順風耳？因為第一對製作完成後發現做太小了，所以請別的師父重做一對，形成兩對的特殊景像。