原名為「福天壇」，所奉祀主神為吳府三千歲，係於清道光十六年（西元一八三六年）由現主任委員侯天註先生先祖侯寬、侯知、侯君等三兄弟為祈庇護平安自大陸祖籍地奉請隨身渡海來台，終在前東石郡朴子街雙溪口二０九番地定居並安座於家宅供奉。 甲午戰後，日本據台為施行皇民化，明令禁止私自奉祀神明，於是不得已由主任委員侯天註先生之先祖父侯讚先生將吳府三千歲藏在糧倉五十年之久，直至台灣光復後始由現主任委員侯天註之先父侯江海先生即往糧倉將吳府三千歲請出，但已面目全非，遂由其家兄侯風有先生請往彫佛店重新塑造安金並往南鯤身代天府包香火入神開光點眼，讓村民奉拜，有求必應澤惠萬民。 民國八十一年十二月因境民祈安求福者日增，為便於供大家朝拜，現主任委員侯天註先生乃積極計劃籌建事宜，民國八十三年（西元一九九四年）九月二十八日奉吳府三千歲聖諭明示建宮事項，遂於同年十月十七日動土，十一月初五日祖厝動土遷移，民國八十四年二月二十二日祖厝移位完成，同年四月二十日廟宇正式開工。民國八十五年二月初十日入火安座，並定名為「雙溪口福天宮」，民國八十六年六月全部完成。