一甲觀音亭的觀世音菩薩，據說可追溯鄭成功部將王文伊從南海普陀山迎來的香火。

施琅攻臺後，王文伊跟其他鄭軍士兵分散到路竹地區的槺榔藍、新園、陷後、窯仔甲、山崙仔、獺爪、營前、營後、舊廍、石仔瀨、前窩、大應公、三甲等十三個聚落居住。後來因為觀音屢顯神蹟，眾人乃在槺榔藍結茅焚香供奉王文伊迎來之觀音香火。日後興建廟宇，並雕刻觀音神像。

日治時期大正八年（1919年）王鬧廷等人發起重建，並有林起捐建拜亭，落成之後又稱「大廟」。皇民化運動時期，觀音像被藏到王鬧廷家中，二次大戰後才安置回觀音亭內。

民國53年（1964年）中國石油公司（今台灣中油）在觀音亭一帶探油鑿井，信徒決定遷廟將地讓給中油開探油源。不過當時一度找不到遷建用地，是東昌食品董事長王珠慶與立大農畜公司董事長王朝立捐獻廟地才解決此問題。

民國55年（1966年）開始遷建，民國61年（1972年）前殿落成舉行迎神安座大典，最後整體工程在民國65年（1976年）完成。